Periodista de profesión, logró notoriedad por sus entrevistas acuciosas y las denuncias de casos de corrupción en sus espacios televisivos, las cuales le significaron despidos y amenazas.
Desde 1992 condujo «La Entrevista Al Día», donde interpelaba a funcionarios, políticos opositores y personalidades de la sociedad civil. Dos años después, recibió el premio Maria Moors Cabot, otorgado por la Universidad de Columbia, Estados Unidos.
Luego dos décadas de ejercicio periodístico, se retiró en septiembre 2007 para competir en las elecciones presidenciales de 2009 por el partido político Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN), una exguerrilla de izquierda, y las ganó.
Durante su mandato de cinco años desarrolló programas sociales, de educación y salud, pero su gestión se vio empañada por un supuesto pacto con las pandillas criminales locales o maras para reducir los homicidios a cambio de beneficios, por el cual fue condenado en ausencia a 14 años de prisión en 2023.
Al culminar su gestión en 2014, Funes acumuló seis procesos judiciales en su contra por los delitos de malversación de 351 millones de dólares del erario público, peculado, lavado de dinero, pago de sobornos, evasión de impuestos, divulgación de documentos confidenciales y el acuerdo con las pandillas.
Cuando emigró con su familia a Nicaragua, dijo que los procesos judiciales en su contra eran motivados por una persecución política liderada por la derecha salvadoreña.
«El proceso en mi contra es un claro ejemplo de uso y manipulación de la justicia penal por parte de la derecha en contra de sus enemigos políticos y de juzgamiento mediático. Por esa razón decidí asilarme en Nicaragua», dijo el expresidente a Reuters.
En 2019, el Gobierno del presidente nicaragüense Daniel Ortega, con quien Funes mantenía afinidad política e ideológica, le concedió la nacionalidad de ese país.
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